一年一度的七夕即将到来，东京、神奈、静冈、长野等地却接连发生六起连环杀人案，被害者身边皆留下麻将牌中的七筒和奇怪暗示。由于作案范围过大，各地警署探员纷纷聚到东京警署的专案组共同研究案情，毛利小五郎也被邀请参加，柯南则偷偷听取了会议的内容。会后，柯南无意中听到群马县警部山村操哼唱的童谣，继而发现有黑衣组织的成员混进警察中间。在一次围捕行动中，柯南遇到假扮人质的Vermouth，得知近期一连串的杀...

知名舞台剧女演员牧树里这日收到怪盗基德的预告信：在26个字母的盘旋飞舞中，他来拜领无价的“命运的宝石”。毛利小五郎受到牧树里委托将信件分析，认为基德将在演出最后一晚前来盗取宝石，当晚他及柯南、小兰等人来到剧场，那里早有诸多警察守候。　　令柯南吃惊的是，基德竟扮成工藤新一出现在众人面前，但他及众人方向不同的紧张过后，宝石并没被盗，柯南醒悟字母预告信与航班相关。而柯南、小兰、牧树里及其同事搭乘的前往北...

柯南和小五郎等拉着大队，来到位于太平洋中的美丽小岛“神海岛”渡假。这座岛屿自古已有流传，大概有关沉没于海底的古代遗迹“海底宫殿”，及300年前两名女海盗遗留下来的宝藏传说。小兰和园子不惧流传，在“海底宫殿”附近潜水时，意外遇到一大群正在寻找宝物的猎人，不料其中一人突然遭鲨鱼攻击，不幸身亡！小兰和园子幸运逃难，柯南见那位猎人死状诡异，与灰原一起展开调查。　　柯南认为猎人之死，跟宝藏传说有着莫大关系，...

莲川一也（佐佐木望 配音）是一个平凡的少年，和哥哥莲川一弘（井上和彦 配音）过着相依为命的生活。哥哥即将结婚了，可是，他的结婚对象竟然是一也的初恋，这让初涉爱河的一也备受打击，感到在家中毫无容身之处。　　终于，一也升入了高中，虽然过程有一点坎坷，但是踏入私立绿都学院高中校门的一瞬间，他的内心还是有着小小的激动。一也入住了男生宿舍绿林寮，在这里，他结识了风度翩翩温柔体贴的宿舍长池田光流（岩田光央 配...

相原琴子（水树奈奈 配音）是一个各方面都非常普通的女子高中生，刚刚升上高中的时候，她对在学校有着极高人气的校草级帅哥入江直树（平川大辅 配音）一见钟情，而如今已经是一名准毕业生的她和直树之间依然有着非常遥远的距离。难道这样的状况要一直持续到毕业吗？焦急的琴子不管不顾的递出了情书。没想到，直树连看没看就残酷的拒绝了琴子的表白。　　失落的琴子回到家中，当晚发生了大地震，琴子的家在地震中毁于一旦。父亲重...

寄宿大学生高桥美咲（樱井孝宏 配音）和大作家宇佐见秋彦（花田光 配音）延续着第一部，仍然继续着他们的恋爱故事。在秋彦的编辑相川小姐和丸川书店的老板的怂恿下，美咲答应参加秋彦的菊川赏得奖纪念酒会。在路途上，美咲意外邂逅了秋彦的哥哥春彦（鸟海浩辅 配音）。小兔老师和家人的关系都很恶劣，夹在中间的美咲左右为难。而难上加难的是，春彦展开了追求美咲的攻势，不是送花就是送草莓，让小兔老师的低气压降到最小值。小...

2029年3月某日，某国大使馆遭到一群经大规模义体改造的武装分子的入侵，众多外国使节及其同侪眷属沦为人质，事态十万火急。草薙素子（坂本真绫 配音）召集巴特（松田健一郎 配音）、陀古萨（新垣樽助 配音）等得力属下，并制定了周密的营救计划。谁知当一切都按部就班进行之时，意外突然发生。与此同时，距离大使馆不远的一座摩天大楼内，日本首相遭到密码箱炸弹的暗杀，素子之前的上司陆军501机关的机关长库露兹（浅野...

前编：诚龙高中为了迎接50周年校庆而打算举办文化祭。在学生会举行的会议上，戏剧部部长莺谷向学生会会长提出了一个建议。为此会长邀请M的五人到他的私人别墅将以超豪华的大餐招待他们。到了那里，M的五人才知道会长的真正用意。会长想让他们在文化祭上面演出。新井率先拒绝了。结果。。。。。　　后编：被设计的五人。为了摆脱困境答应了会长提出的要求。在文化祭上以女装出演。在风波不断的排练过程中。新井终于忍耐不住爆发...

虽然出身于历史上最著名的犬神使家族，但川平启太（福山润 配音）似乎并没有继承祖先接触的御神能力，甚至因为能力平庸而被逐出了家门。所以，当犬神阳子（堀江由衣 配音）出现在他的面前，并且愿意和他签下契约的时候，启太想也没想就同意了。没想到，阳子是犬神中的另类分子，异常暴躁又容易暴走的性格和启太的不学无术和自暴自弃倒是十分的匹配。　　作为启太的表哥，川平薫（甲斐田幸 配音）有着无人可能超越的，同时御有十...

特别编“AIR in Summer”于2005年8月28日和9月4日于BS-i放映。 AIR “Summer”编的故事在2005年1月6日的版本中已经包含，“Summer”编动画故事内容长度比游戏的故事短了很多，其中多半是被删减或压缩。由于播出时大受欢迎，而决定推出特别编“AIR in Summer”填补原电视动画版的空间。　　故事是在原TV版第8话中段开始接轨，加插了大量柳也、神奈和里叶出发去寻...