夜幕笼罩下的东京霓虹闪烁，在城市某个不起眼的角落，充满温情的深夜食堂悄然开张。妖媚的川岛玉子（高冈早纪 饰）一脸颓唐，她的靠山不久前去世，却没给她留下分文遗产。在颓唐无助的时候，貌不惊人的上班族小初（柄本时生 饰）走入玉子的视野，他们的关系迅速拉近。乡下女孩栗山美知留（多部未华子 饰）独自来到东京，走投无路之际她在老板（小林薰 饰）这里吃了霸王餐，事后主动登门要求打工还钱，女孩因此找到了暂时的栖身...

　　午夜12点，在繁华都市的一个小角落，一家食堂才刚刚开始营业。这家深夜食堂的老板(小林薰 饰)虽然脸上带着伤疤，却是一个温情且厨艺精湛的男人。虽然小店里的菜谱很简单，但是只要是客人想吃的都可以点，所以小店备受底层小市民的喜爱。延续第一季的风格，深夜食堂里每晚都上演一个耐人寻味的故事，每个故事的主角都有自己钟爱的一款美食。特别值得一提，第一季曾出现的红色香肠再度登场，其中埋藏多年的往事随之揭晓，曾...